В целях эффективной организации работы в 2009/2010 учебном году в  Пансионе создан Научно-методический совет для обеспечения методического сопровождения образовательного процесса и инновационной деятельности. В соответствии с приказом директора МКК «Пансион воспитанниц МО РФ» определен персональный состав Научно-методического совета  из числа представителей руководства Пансиона, преподавателей-руководителей отдельных дисциплин и методических объединений воспитателей, высококвалифицированных педагогов, педагогов-психологов, а также структура Совета.

В составе Совета действуют следующие отделы:

Отдел стратегических инициатив

Цель: организация и координация научно-исследовательской, инновационной деятельности и реализации единой методической проблемы Пансиона, апробация новых методик, технологий, программ, учебников и др.

Консультативно-диагностический отдел

Цель: осуществлять диагностику затруднений педагогов; заниматься разработкой методических рекомендаций, оказанием индивидуальной методической и психологической помощи педагогам.

Отдел мониторинга

Цель: диагностика, экспертиза, анализ хода и результатов образовательного процесса.

Отдел организации работы с одаренными воспитанницами

Цель: координация деятельности Научного общества воспитанниц, методическое сопровождение работы с одаренными детьми, экспертиза материалов для проведения предметных олимпиад и др.

Методический кабинет Пансиона (ЛМС)

Цель: оказание методической помощи педагогам в профессиональном росте, координация работы педагогов и педагогических объединений по реализации единой методической темы Пансиона.

По решению Научно-методического совета могут быть сформированы дополнительные отделы, созданы творческие, инициативные группы с учетом возникающих оперативных конкретных задач и проблем инновационной, научно-методической работы в целях обеспечения высокого качества образования.